77 بهار از عمرش می‌گذشت. همراه گروهی از شاگردان برجسته از جمله ملامحمدتقی مجلسی برای زیارت اهل قبور وارد قبرستان شد، برای مردگان دعا کرد و فاتحه خواند. ناگاه روبه یاران گفت: «شنیدید چه گفت؟» در جواب گفتند:« خیر، ما چیزی نشنیدیم.» شیخ حالش دگرگون شد و پس از این ماجرا همیشه در حال نیایش و مناجات و گریه بود. بعدها وقتی برخی شاگردان با اصرار از او پرسیدند آن روز چه شنیدی، فرمود: «به من گفتند آماده مرگ باشم.» درست شش ماه بعد از این حادثه در تاریخ 12 شوال 1030 و یا 1031 هجری قمری بود که روح پاکش به جهان دیگر شتافت و شاگرد بزرگوارش، ملامحمدتقی مجلسی بر او نماز خواند و بیش از پنجاه هزار نفر از مردم با ایمان اصفهان و حومه در نماز او شرکت کردند. پیکر او را در مشهد مقدس و در خانة قدیمی خودش که نزدیک حرم مقدس حضرت امام رضا(ع) بود، دفن کردند.
اکنون قبر این عالم بزرگ بین مسجد گوهرشاد و صحن آزادی و صحن امام‌خمینی(ره) می‌باشد.
شیخ بهایی در اینه عشق، اسدالله بقایی
